生物計算サーバーUbuntuセットアップ1

機器

 当機器センターでは、学内の利用者に高速計算環境を提供するために、生物用計算サーバーを導入させて頂きました。 購入したサーバーマシンと別売りの内臓 HDD 7個でマシンを構成しました。 Linux の OS システムとして、Ubuntu Server 20.04.5 LTS を自前でインストールし、7 個の 12 TB HDD でソフトウェア Raid 5 を設定しました。

 現在の Ubuntu の最新バージョンは 22.04 となっているため、少し情報は古くなってしまうのですが、Global IP での公開サーバーの立て方や、Raid 5 の設定などで参考になる面もあると思いますので、そのログと解説を掲載しておきたいと思います(機器センター講師・佐藤)。

とくに物理メモリ量を512GBに増強。大量SNPやゲノムレベルの解析に必要なスペックとなります。SSD 1個は、システムインストール用のドライブです

(1)Ubuntu Server のインストール
 マシンに、サーバー OS となる Ubuntu Server をインストールするためのイメージデータ(iso)は、公式ページからダウンロードして取得することが出来ます: https://jp.ubuntu.com/download

 しかし、iso データをダウンロードしただけでは、インストールできません。このイメージファイルを、空の DVD ディスクへ書き込んでインストール用ディスクを作成するか、または、専用ソフトウェアでインストール用 USB メモリを作成する必要があります。 今回のマシンはディスクドライブを備えていないため、インストール用の USB メモリを作成しました。

※注意: この時点では、別売りの HDD ドライブ 7 個は搭載しないでおきます(のちに Raid 5 設定時に装着)。OS システムは、マシンの構成に最初から含めておいた SSD にインストールされます。

 インストール用 USB メモリの作成には、Rufus などのフリーソフトウェアが使用できます: 「窓の杜」Rufus サイトなどから入手できます https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/rufus/

 Rufus をインストールし起動したら、「デバイス」のタブから、インストールに使用する USB メモリを選択します。次に、「ブートの種類」の「選択」をクリックして、左のタブから、先ほど取得した Ubuntu Server の iso イメージを指定します。この状態で「スタート」をクリックすることにより、インストール用 USB メモリが作成されます。

 Ubuntu をインストールするマシンに、上記の USB メモリをセットしたら、Bios 画面から「起動ディスク」としてこの USB メモリを指定することで、Ubuntu Server のインストールがスタートします(または、自動的にインストールがスタート)。

続く(機器センター講師・佐藤)

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